В 1560 г. Иван Грозный неожиданно удаляет от себя Адашева и Сильвестра. Видимо, царь и его советники не могли прийти к единому мнению об основных направлениях дальнейшей политики. На первые роли выдвигаются другие люди: отец и сын Басмановы, брат второй жены Ивана IV князь Михаил Черкасский и другие. В 1563 г. умирает митрополит Макарий.

В декабре 1564 г. царь покинул Москву с группой специально подобранных придворных. Через месяц Иван объявил о решении отречься от престола, предварительно обвинив руководство страны в самых разнообразных прегрешениях. В Москву прибыл гонец, который и передал жителям столицы эти новости. Население потребовало от бояр и духовенства добиться возвращения царя на престол, в противном случае угрожая расправой. В таких условиях бояре обратились к Ивану Грозному с просьбой о возвращении. Царь выдвинул определенные условия: казнь по собственному усмотрению всех, вызвавших неудовольствие Грозного, раздел территории страны на две части - опричнину и земщину (причем из опричной части следовало выселить феодалов, которые не вошли в состав нового окружения, формируемого Грозным), создание особого опричного двора и некоторые другие. Все эти условия были приняты и, спустя некоторое время, государь возвратился в Москву. Перед его возвращением состоялись казни нескольких бояр. В стране установился опричный режим (1565 - 1572).

Исследователи до сих пор не могут прийти к окончательному выводу о том, чем было вызвано введение опричнины. Наиболее вероятным представляется следующее: несовпадение представлений Ивана Грозного о своей власти, полученной, по его мнению, от Бога с действительностью 50-х гг. Реальная роль царя в проведении реформ едва ли была очень значительна (Грозный в то время был еще молод). Возможно, царь считал, что проводимые реформы не отвечают интересам страны и решил управлять страной по своему собственному усмотрению. Каждый, кто высказывал несогласие с проводившейся политикой автоматически становился изменником, так как подданные были обязаны беспрекословно подчиняться любым решениям государя.

В годы опричнины погибли двоюродный брат царя князь Владимир Андреевич (1569 г.), митрополит Филипп (1570 г.), многие бояре, дворяне и дьяки. Самым кровопролитным событием был новгородский разгром (1570 г.). Всего в годы опричнины по политическим обвинениям было казнено, по разным оценкам, от пяти до нескольких десятков тысяч человек. Казненные обвинялись, в основном, в измене.

В конце опричнины погибли те, кто находился вместе с царем при ее введении: Басмановы, Черкасский, Вяземский. Наиболее приближенным к царю человеком стал Малюта Скуратов, даже вошедший в Боярскую думу с чином думного дворянина. Официально опричнина была отменена в 1572 г., однако казни и ссылки продолжались практически до самой смерти Грозного в марте 1584 г. (правда, они не имели столь массового характера, как в годы опричнины).