В конце XV в. перед русской церковью возникла проблема: страну захлестнуло еретическое движение. Ересь, по основным центрам ее распространения, называется новгородско-московской или, по источникам, ересью "жидовствующих". Возникло еретическое движение в Новгороде незадолго до присоединения его к Москве. По всей вероятности, произошло следующее: в Новгород прибыл некий иудей Схария, которому удалось привлечь на свою сторону часть новгородских священников. Среди них наиболее часто упоминаются Денис и Алексей. Однако перед верующими еретики стремились показать себя истинно православными и пользовались большим уважением у своих прихожан. Подобное положение привело к распространению ереси в Новгороде. Еретики отрицали поклонение иконам, считали ненужным институт монашества, признавали основными церковными книгами Пятикнижие, отрицали христианский догмат о Троице. Долгое время существование еретического кружка оставалось тайной для церковных и светских властей.

Распространению ереси способствовало и то, что Иван III, посетив Новгород, перевел главных еретиков Дениса и Алексея в Москву, где они получили места в центральных московских храмах. После этого еретичество стало распространяться и в столице Русского государства. Еретиками стали доверенное лицо великого князя виднейший дипломат дьяк Федор Курицын и жена старшего сына Ивана III Елена Волошанка. Более того, еретики смогли добиться назначения на пост митрополита своего сторонника Зосимы (1490 - 1494).

Существование ереси было обнаружено случайно архиепископом Новгорода Геннадием. Им же и были выявлены некоторые тайные еретики. По требованию Геннадия в 1490 г. часть еретиков была осуждена на церковном Соборе. Однако наказание было довольно мягким: покаявшихся разослали по монастырям в заключение. Главные же руководители ереси оказались необнаруженными, и ересь продолжала распространяться.

Настоящим вдохновителем борьбы с ересью стал уже известный нам Иосиф Волоцкий, который посвятил обличению еретиков специальную книгу - Просветитель, в которой пришел к выводу о необходимости смертной казни для нераскаявшихся еретиков. Раскаявшиеся же должны были находиться в строжайшем заключении; причем, по мнению Иосифа, можно было верить раскаянию только тех людей, которые покаялись до начала преследований ереси. Деятельность волоцкого игумена привела к тому, что основные покровители еретиков сходят со сцены: Зосима был лишен митрополичьей кафедры, Елена Волошанка попала в заключение. Наконец, в 1504 г. церковный Собор осудил еретиков, причем часть из них была приговорена к смертной казни через сожжение. Всего было казнено полтора десятка человек (что не идет ни в какое сравнение с жертвами инквизиции в Западной Европе). После Собора 1504 г. еретическое движение резко пошло на убыль, хотя через 50 лет церкви снова пришлось столкнуться с подобным явлением.